El baracaldés conquistó las Ligas de 1982-83 y 1983-84, y la Copa del Rey y la Supercopa de España de 1984. Clemente terminó su primera etapa en el club bilbaíno en 1986 y, posteriormente, regresó en la temporada 1990-91 para intentar solventar la difícil situación en la que se encontraba el equipo, camiseta de la juventus 2022 pero no lo logró y fue cesado a mitad de temporada. Para la temporada 2012/2013 jugó 60 partidos con el cuadro viola, 46 como titular y logró anotar en 20 ocasiones y dar 20 asistencias, desempeño que le serviría para ayudar a su club a clasificar a la UEFA Europa League.